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败庾楷。十一日，会稽王司马道子屯兵于中堂，司马元显守卫石头。二十日，前将军王王旬守卫北郊，右将军谢琰保卫宣阳门。辅国将军刘牢之驻扎在新亭，派其子刘敬宣打败王恭，王恭逃到曲阿的长塘湖，湖尉逮捕他送到京城，被斩首。于是派太常殷茂劝喻殷仲堪以及桓玄，桓玄等逃到氵寻阳。十月，新野传说出现了驺虞马。十七日，大赦天下。二十三日，殷仲堪等在寻阳结盟，推举桓玄为盟主。十一月，以琅王牙王司马德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆射。十二月初二，魏王拓拔王圭即皇帝位，年号是天兴。京兆人韦礼率领襄阳的流散人众叛乱，向姚兴投降。二十二日，前新安太守杜炯在京口造**，会稽王的大儿子司马元显征讨将他杀了。秃发乌孤自称武威王。
隆安三年正月初四，封同宗室的司马蕴为淮陵王。二月十八日，河间王司马国镇死。林邑的范胡达攻陷日南、九真。于是侵犯交趾，太守杜王爰征讨打败了他。段业自称为凉王。仇池公杨盛派使称臣，献上地方物产。三月二十三日，安帝追尊生育自己的陈夫人为德皇太后。四月初十，加封尚书令王王旬为卫将军，任命会稽王大儿子司马元显为扬州刺史。六月初四，以琅王牙王司马德文为司徒。慕容德攻陷青州，杀害龙骧将军辟闾浑，于是僭位在广固称皇帝。八月，秃发乌孤死，他的弟弟秃发利鹿孤继伪位。十月，姚兴攻陷洛阳，捉住了河南太守辛恭靖。十一月初二，贼寇孙恩攻陷会稽，内史王凝之战死，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐都弃官而逃，吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸都遇害。朝廷派卫将军谢琰、辅国将军刘牢之迎击敌寇，将他们打跑了。十二月，桓玄袭击江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨亻全期都遇害。吕光立他的儿子吕绍为天王，自称为太上皇。这一天，吕光死，吕纂杀吕绍而自立为天王。这一年，荆州发大水，平地水深三丈。
隆安四年正月二十四日，大赦天下。二月初八，彗星侵犯奎娄星座，进入到紫微座。三月，彗星在太微星座出现。四月，地震。孙恩侵犯浃口。五月十七日，散骑常侍、卫将军、东亭侯王繤死。三十日，会稽内史谢琰被孙恩打败并战死。孙恩接着进犯临海。六月初一，有日蚀。大旱。辅国司马刘裕在南山打败孙恩。孙恩的将领卢循攻陷广陵，杀死三千多人。任琅王牙王的老师何澄为尚书左仆射。七月初四，太皇太后李氏死。十九日，大赦天下。这个月，姚兴讨伐乞伏干归，乞伏干归投降。八月初九，尚书右仆射王雅死。二十四日，将文太后葬在修平陵。九月初六，发生地震。十一月，宁朔将军高雅之与孙恩在余姚作战，朝廷的军队失败。任扬州刺史元显为后将军、开府仪同三司、都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州诸军事，前将军刘牢之为镇北将军，封元显的儿子彦璋为东海王。十二月初二，彗星侵入天市座。这一年，河右各郡推崇凉武昭王李玄盛为秦、凉二州牧、凉公，年号为庚子。
隆安五年二月初一，孙恩又进犯浃口。吕超杀死吕纂，让他的哥哥吕隆僭位当天王。三月初九，众星经过太微星向西流动。五月，孙恩进犯沪渎，吴国内史袁山松战死。沮渠蒙逊杀死段业，自称大都督、北凉州牧。六月初一，孙恩到丹徒。初二，朝廷内外戒严，百官到禁中居住。冠军将军高素、右卫将军张崇之守卫石头，辅国将军刘袭用栅栏隔断淮口，丹扬尹司马恢之戍守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛遂守备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国驻扎在中皇堂。征召豫州刺史、谯王司马尚之保卫京城。宁朔将军高雅之在广陵的郁洲进攻孙恩，被孙恩捉住。七月，段玑杀慕容盛，慕容盛的叔父慕容熙诛灭段氏家族，于是僭位称皇帝。九月，吕隆向姚兴投降。十月，姚兴率军队侵犯魏国，大败而还。这一年，天下大饥，禁止饮酒。
元兴元年(402)正月初一，大赦天下，改变年号。任命后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北大将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王司马尚之为后部，以讨伐桓玄。二月初七，天子穿战服在西池为元显饯行。十八日，派兼侍中、齐王司马柔之用驺虞幡帜向荆州、江州宣告。二十八日，桓玄在姑孰打败朝廷的军队，谯王司马尚之、齐王司马柔之都战死。又任右将军吴隐之为都督交、广二州诸军事、广州刺史。三月初一，刘牢之背叛朝廷向桓玄投降。初三，朝廷的军队在新亭战败，骠骑大将军、会稽王的大儿子司马元显，东海王司马彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃都遇害。初四，桓玄自称为侍中、丞相、录尚书事，以桓谦为尚书令，把太傅、会稽王司马道子迁到安城。不久，桓玄又自称太尉、扬州牧，总理各种机要政事，任琅笽王司马德文为太宰。临海太守辛景进攻孙恩并将他斩首。这个月，秃发利鹿孤死，其弟亻辱檀继承伪位。七月初八，新蔡王司马崇被他的奴仆杀害。八月初四，尚书的私宅遭火灾。十月，冀州刺史刘轨背叛朝廷投靠慕容德。十二月二十六日，会稽王司马道子被桓玄杀害。特赦广陵、彭城两地大逆罪以下的犯人。
元兴二年二月初八，建威将军刘裕在东阳打败徐道覆。二十二日，桓玄自称为大将军。二十四日，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。四月初一，出现日蚀。八月，桓玄又自称为相国、楚王。九月，南阳太守庾仄兴起义兵，被桓玄打败。十一月二十三日，桓玄把安帝迁到永安宫。二十四日，把太庙的祖宗牌位移到琅王牙国。十二月初三，桓玄篡夺帝位，让安帝当平固王。二十二日，安帝逃亡到浔阳，蒙受风尘。
元兴三年二月，安帝在浔阳。初二的夜晚，洪水进入石头城，冲走了居民和房屋。二十七日，建武将军刘裕率领沛国的刘毅、东海的何无忌等兴起义兵。二十八日，将桓玄所委任的徐州刺史桓修杀死在京口，青州刺史桓弘杀死在广陵。二十九日，义兵渡过长江。三月初一，刘裕在江乘将桓玄的将领吴甫之斩首，在罗落把皇甫敷斩首。初二，桓玄的徒众溃散逃命。初三，刘裕设置留守京师的百官和机构。初五，桓玄的司徒王谧推举刘裕当镇军将军、徐州刺史、都督扬、徐、兖、豫、青、幽、并八州诸军事、假节。刘裕任王谧领扬州刺史、录尚书事。初四，刘裕诛杀尚书左仆射王愉，以及王愉的儿子荆州刺史王绥、司州刺史温详。十四，桓玄逼安帝西上。二十九日，安帝下密诏，因被桓玄幽禁威逼，朝政空旷，令武陵王司马遵依照旧典，继承帝制总领百官行事，加封为侍中，其余官职如故。并且大赦谋反叛逆之人，只有与桓玄同一祖宗的家族不宽宥。四月初二，大将军、武陵王司马遵称帝制，总理万机。初三，安帝到江陵。二十三日，辅国将军何无忌、振武将军刘道规与桓玄的将领庾稚、何淡之在湓口交战，大破敌军。桓玄又逼迫安帝东下。五月十七日，冠军将军刘毅与桓玄在峥嵘洲作战，又大破桓玄的军队。二十三日，安帝又到江陵。二十五日，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之保护安帝在南郡居住。二十六日，督护冯迁在貊盘洲把桓玄斩首。车马返回到江陵。二十八日，下诏说：“奸凶篡夺帝位叛逆，自古有之。我不能防微杜渐，以致流离失所，仰仗镇军将军刘裕的英雄谋略奋发，忠心义胆绝世，冠军将军刘毅等诚心一向显著，齐心协力。仁义之声显扬，士人百姓报效国家，社稷得以平安，天下得以同庆。现大赦天下，所有被威势逼迫屈从逆贼之命的人，一律不问罪。”二十二日，供奉祖宗牌位进入太庙。闰五月初三，桓玄的故将扬武将军桓振攻陷江陵，刘毅、何无忌退守氵寻阳，安帝又在贼营中蒙受风尘。六月，益州刺史毛璩讨伐伪梁州刺史桓希，将他斩首。七月二十三日，永安皇后何氏死。八月十九日，把穆帝章皇后合葬在永平陵。九月，以前的给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，遭到诛杀。十月，卢循侵犯广州，刺史吴隐之被卢循打败，捉住了始兴相阮腆之才退去。慕容德死，他哥哥的儿子慕容超继承伪位。
义熙元年(405)正月，安帝在江陵。南阳太守鲁宗之兴起义兵，攻破襄阳。初七，刘毅驻扎在马头。桓振拥戴安帝屯兵于江津。初九，鲁宗之在柞溪打败桓振的将领温楷，进兵驻扎在纪南，被桓振打败。振武将军刘道规进攻桓谦，将他赶跑。天子复位，安帝与琅王牙王乘坐刘道规的船。十六日，诏书说：“朕因少德，早继宏业。不能使远近和睦，遏止奸宄。叛逆之臣桓玄乘机作乱，竟欺骗上天和人民，篡夺帝位。我自身流离失所，沦落蛮荒之地，宣武皇帝的基业，顷刻间坠毁。仰仗镇军将军刘裕忠武英明果断，诚心古来第一。运筹谋划机宜，忠贞贤臣齐心协力；擦干眼泪当众盟誓，义士为诚心感动。所以刀枪一挥，巨贼奔窜，三军振作威风，元凶献出首级。其余孽桓振猖狂，接着在荆郢逞凶。幸赖上天赐福社稷，义兵举旗，再传捷报，贼寇崩溃，我才能复位。此实赖宗庙之灵验，众将勤王之功勋。哪能我一人独享此福。。呢？我想与万民从此重新开始，大赦天下，改年号，只有桓玄桓振一族以及他们的同党不在宽宥之列。赐百官爵位每人二级，鳏寡孤独每人五斛谷，大设酒宴五日。”二月初五，留守京师的官员备好车马法驾仪仗，到江陵迎接安帝。弘农太守戴宁之，建威主簿徐惠子等人谋反，遭诛杀。平西参军谯纵杀害平西将军、益州刺史毛璩，率蜀郡叛乱。三月，桓振又袭击江陵，荆州刺史司马休之逃到襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振并将他斩首。安帝从江陵回京。十四日，百官到宫廷请罪。下诏说：“这不是众卿的过失，大家回去尽心职事。”十七日，为章皇后哀丧三天，在西堂哭丧吊唁。刘裕与何无忌等上奏章请求让位，不允许。十九日，以琅王牙王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加封镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。二十三日，下诏说：“近来国难之后，人民财物凋零残破，平常所供奉的东西，还没有改变旧制，这难道符合视人如伤，夏禹商汤归过于己的训诫吗？可酌情减省。”四月，刘裕回到京口镇守。十七日，天子在东堂为他饯行。五月初三，禁止制作绢面的扇子和扌雩蒲的博戏。游击将军、章武王司马秀，益州刺史司马轨之谋反，被诛杀。桓玄的故将桓亮、苻宏、刁预侵犯湘州，守将把他们打败。八月十五日，封临川王的儿子司马修之为会稽王。十一月，乞伏干归讨伐仇池，仇池公杨盛把他打得大败。这一年，凉武昭王玄盛派使奉表称臣。
义熙二年正月，益州刺史司马荣期在白帝城进攻谯纵的将领谯子明，大败敌军。五月，封高密王的儿子法莲为高阳王。七月，梁州刺史杨孜敬有罪，被诛杀。十月，论定匡复社稷的功劳，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南平郡公，右将军何无忌为安成郡公，其余封赏各有等差。十一月初三，以左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗寇杀死零陵太守阮野。
义熙三年二月初九，车骑将军刘裕前来朝拜。诛杀东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。闰二月十九日，大赦天下，解除禁酒令。五月，发大水。六月，姚兴的将领赫连勃勃在朔方僭位称天王，国号为夏。七月初一，有日蚀。汝南王司马遵之有罪，被诛杀。八月，派冠军将军刘敬宣持节监督征讨蜀地诸军事。十一月，赫连勃勃大败秃发亻辱檀，秃发亻辱檀逃到南山。这一年，高云、冯跋杀死慕容熙。高云僭位为皇帝。
义熙四年正月初九，以琅王牙王司马德文领司徒之职，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。二十五日，侍中、太保、武陵王司马遵死。四月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国死。五月初一，加封吏部尚书孟昶为尚书左仆射。十一月初一，大风拔起树木。二十三日，雷鸣。梁州刺史杨思平有罪，斩首弃市。这个月，秃发亻辱檀僭位当凉王。十二月，陈留王曹灵诞死。
义熙五年正月初二，大赦天下。二十一日，任抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加封辅国将军何无忌为镇南将军。十九日，寻阳发生地震。二月，慕容超的将领慕容兴宗侵犯宿豫，阳平太守刘千载、济南太守赵元都被贼兵捉住。三月十一日，下大雪，积雪有几尺厚。车骑将军刘裕率领军队进攻慕容超。六月初九，太庙发生地震。刘裕在临朐把慕容超打得大败。七月，姚兴的将领乞伏干归在苑川僭位称西秦王。十月十三日，离班杀死高云，高云的将领冯跋攻击离班，将离班杀死。冯跋僭位称王，国号仍然叫燕。魏国的清河王拓跋绍杀死拓跋王圭。
义熙六年二月初五，刘裕进攻慕容超，战胜了他，齐地全部平定。这个月，广州刺史卢循谋反，侵犯江州。三月，秃发侵擅在塞基和沮渠蒙逊交战，侵擅战败。。二十日，镇南将军、江州刺史何无忌与卢循在豫章交战，朝廷的军队战败，何无忌战死。四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜入京保卫京师。五月二十五日，刮大风，拔起树木。初五日，卫将军刘毅与卢循在桑落洲交战，朝廷的军队大败。尚书左仆射孟昶因害怕而自杀。初六，大赦天下。十二日，卢循到淮口，内外戒严。大司马、琅邪王司马德文都督宫城诸军事，驻军中皇堂，太尉刘裕驻扎在石头，梁王司马珍之屯兵南掖门，冠军将军刘敬宣屯兵北郊，辅国将军孟怀玉屯兵南岸，建武将军王仲德屯兵越城，广武将军刘怀默屯兵建阳门，在淮口筑起相浦、药园、廷尉三个营垒以抵御敌军。七月初十，卢循逃走。十四日，派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等率兵追赶。这个月，卢循侵犯荆州，刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等人击败了他。又在华容攻破徐道覆，贼兵又逃到寻阳。八月，姚兴的将领桓谦侵犯江陵，刘道规打败了他。十一月，蜀地贼将谯纵攻陷巴东，守将温祚、时延祖战死。十二月十四日，刘裕在豫章打败卢循。
义熙七年二月初五，右将军刘藩在始兴将徐道覆斩首，首级传到京师。四月，卢循逃到交州，刺史杜彗度将他斩首。七月二十三，任荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。十月，沮渠蒙逊进攻凉国，凉国武昭王玄盛与他交战，打败了他。
义熙八年二月初五，任吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月十三日，山阴有的地方塌陷四尺，响声如雷。五月，乞伏公府杀死乞伏干归，乞伏干归的儿子炽盘诛杀乞伏公府，僭位任伪职。六月，任平北将军鲁宗之为镇北将军。七月二十六日，武陵王司马季度死。八月初二，征西大将军刘道规病死。皇后王氏也病死。十三日，高密王司马纯之病死。九月初六，把僖皇后安葬在休平陵。十二日，太尉刘裕害死右将军兖州刺史刘藩、尚书左仆射谢混。十三日，刘裕假托诏书说：“刘毅包藏祸心，勾结南夏叛逆，刘藩、谢混共同作乱，放肆地图谋作乱，仰仗辅佐明鉴，乘机挫锐势，凶党已遭杀戮，社稷长治久安。好生之德是所依据的根本，宽赦罪人延及仁德，确实有助圣恩，何况事端由首恶之人兴起，灾祸起自元凶。大赦天下，只有刘毅不在其例。文武百官普遍增爵位一等。那些孝顺忠义，隐遁遗逸的贤士，一定要让他们显名声，受重用。”二十二日，刘裕率兵讨伐刘毅。刘裕的参军王镇恶攻陷江陵城，刘毅自杀。十一月，沮渠蒙逊僭号为河西王。十二月，任西陵太守朱龄石为建威将军、益州刺史，率军队进攻蜀。从荆州分出十郡设置一个湘州。这一年，庐陵、南康两地发生四次地震。
义熙九年三月初一，刘裕杀害前将军诸葛长民以及他的弟弟辅国大将军诸葛黎民、堂兄弟宁朔将军诸葛秀之。十三日，加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。林邑的范胡达侵犯九真，交州刺史杜彗度把他斩首。四月初四，罢除临沂、湖熟皇后四十顷脂泽田，赐给贫民，放松对湖泊池沼的禁令。封镇增强将军鲁宗之为南阳郡公。七月，朱龄石攻克成都，把谯纵斩首，益州平定。九月，封刘裕的第二个儿子刘义真为桂阳公。这一年，高句丽、倭国以及西南夷铜头大师都进贡地方物产。
义熙十年三月十九日，发生地震。六月，乞伏炽盘率军队讨伐秃发亻辱檀，将他消灭。七月，淮北刮大风，毁坏房屋。九月初一，有日蚀出现。林邑派使者进献地方物产。这一年，在东府筑城墙。
义熙十一年(415)正月，荆州刺史司马休之，雍州刺史鲁宗之都率兵暗暗背叛刘裕，刘裕率军队讨伐他们。十六日，大赦天下。二十三日，任吏部尚书谢裕为尚书左仆射。三月二十八日，淮陵王司马蕴死。二十九日，刘裕与司马休之在江津交战，司马休之战败，逃到襄阳。四月初三，青、冀二州刺史刘敬宣被他的参军司马道赐杀害。五月初二，彗星两次出现。十二日，司马休之、鲁宗之投靠姚兴。朝廷论定平蜀的功劳，封刘裕的儿子刘义隆为彭城公，朱龄石为丰城公。二十七日，霍山崩塌，发现六枚铜钟。七月初五，京城发大水，冲坏太庙。三十日傍晚，出现日蚀。八月，尚书左仆射谢裕死，以尚书右仆射刘穆之为尚书左仆射。九月十九，大赦天下。
义熙十二年正月，姚泓派他的将领鲁轨侵犯襄阳，雍州刺史赵伦之将他赶跑。二月，加封刘裕为中外大都督。六月，赫连勃勃在秦州进攻姚泓，攻陷城池。初三，新任尚书令、都乡亭侯刘柳死。八月，刘裕同琅王牙王司马德文率众兵讨伐姚泓。初一，大赦天下。十月二十二日，姚泓的将领姚光献洛阳投降。十一月十六日，派兼司空、高密王司马恢之修治拜谒五陵。
义熙十三年正月初一，出现日食。二月，凉武昭王李玄盛死，他的大儿子李士业继位为凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶在潼关把姚泓的将领姚绍打得大败。四月，刘裕在河曲打败魏将鹅青，将鹅青的偏将阿薄干斩首。这个月，凉公李士业在鲜支涧把沮渠蒙逊打得大败。五月，刘裕攻克潼关。十六日，会稽王司马修之死。六月二十三日，林邑进献驯服过的大象和白鹦鹉。七月，刘裕攻克长安，活捉姚泓，没收他的仪仗器物，回到京师。南海盗贼徐道期攻陷广州，始兴相刘谦之将他平定。十一月初三，左仆射、前将军刘穆之死。
义熙十四年正月，大赦天下。青州刺史沈田子在长安杀害龙骧将军王镇恶。六月，刘裕任相国，晋封为宋公。十月，任凉公李士业为镇西将军，封为酒泉公。十一月，赫连勃勃在青泥以北打败朝廷军队。雍州刺史朱龄石焚烧长安的宫殿，逃到潼关。不久又大败，朱龄石战死。十二月十七日，安帝死在东堂，享年三十七岁。安葬在休平陵。安帝智力低下，从小到大，口不能言语，即使寒暑节气的变化，他也无法辨别。一切行动，都不出于他自己。所以桓玄篡位，他免于被害。当初的谶书上说：“昌明帝之后有两个皇帝。”刘裕打算受禅代晋，所以秘密地派王绍之勒死安帝另立恭帝，以顺应二帝之说。
恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟。初封琅王牙王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。
安帝元兴初年(402～404)，迁为车骑大将军。桓玄执政时，进位为太宰，加衮冕之服，用绿色印带。桓玄篡位，以帝为石阳县公，与安帝一起住在寻阳。桓玄失败后随桓玄到江陵。桓玄被杀，桓振突然来到，跃马挥戈，直至阶下，瞋目对安帝说：“我桓家有何对不起国家，而遭如此屠灭？”恭帝下床对桓振说：“这怎是我兄弟之意呢！”桓振这才下马拜谢。桓振被平定，帝仍为琅王牙王，又兼徐州刺史，不久拜为大司马，兼司徒，受到特殊礼遇。安帝义熙五年(409)，署中设置左右长史、司马、从事中朗四人，加赐羽葆鼓吹。
义熙十二年(416)，皇帝下诏说：“大司马有明德而又为宗室之亲，太尉德高而功大，使人伦有序，阴阳协和，俊才仰慕，思佐国家。而二人高雅冲淡，不愿设置征士，这样符合大雅谦虚之道，却有违荐贤治世的当务之急。昔日贤君以蒲轮征召才秀之士，而异人辈出，东平开府设署，而奇士响应，人才济济，朕甚钦慕。可使大司马、太尉二府照旧例征召人才，必使俊杰之士得以显扬，继前贤之规范。”于是恭帝始征召掾属。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司马位高任重，论亲论贤，皆莫可比，虽官府要受他人节制，个人不必行下级之礼。”刘裕北征时，恭帝向安帝上疏，请率所属军队，同上征途，以修整祭祀旧都陵墓，朝廷同意此请求，于是与刘裕一起出征。有司奏军人不得料理陵庙之事，恭帝又上疏说：“臣率军在外，将经历寒暑，不能在先帝陵前表祭奠哀悼之情，心绪茫然若失。愿圣上发慈悲之心，特予许可，使臣区区诚心粗略得以实现。则此次出征无所遗憾了。”皇帝答应了这个请求，姚泓被灭后回到京都。
义熙十四年(418)十二月十六日，安帝死。刘裕假称遗诏说：“我晋顺应天命，兴隆于九州，光照四海，朕因德薄，国家多难，幸赖宰辅之臣，拯救颠覆。仍恃神明保佑，克服祸乱，才保持皇极之位，统一六合。正将依赖元勋革新大业，而疾病渐重，将不能恢复，仰思祖宗亲贤之遗命，大司马、琅王牙王，为先皇亲子，明德茂美，亦为皇储，众望所归，今可即皇帝位，奉宗庙之祀，谨守中道，协和天下，发扬临终诰命，不要废弃我高祖之大业。”当天即皇帝位，实行大赦。
元熙元年(419)正月初一，改年号。因安帝葬事未妥，不朝会，立褚氏为皇后。初三，召刘裕还朝。初七，有彗星出现于太微星西边。二十九日葬安帝于休平陵。恭帝受群臣朝拜，乐器悬而不奏。以骠骑将军刘道怜为司空。秋八月，刘裕移镇寿阳。以刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自己解去扬州的职务。冬十月二十八日，刘裕以其子刘义真为扬州刺史。十一月初一，日蚀。十二月辛卯这天，给裕加特殊礼遇。
元熙二年(420)夏六月初九，刘裕回到京师。傅亮受刘裕密旨，劝恭帝禅位于刘裕，起草了诏书，让恭帝抄写。恭帝欣然对左右的人说：“晋氏的权柄早已丧失，今天又有何恨。”就用赤纸写了诏书。十一日，退位回到琅王牙王府第。刘裕封恭帝为零陵王，居住在秣陵，使用晋的历法，车骑服色不改，只是不行天子之礼。从此之后，恭帝深虑灾祸到来，褚皇后常在身边，饮食用品都由褚皇后经手，故宋人无机会下手。
宋武帝永初二年(421)九月丁丑这天，刘裕使褚后兄褚叔度请褚后，有了机会，武士越墙而入，将恭帝杀死在内房，终年三十六岁。谥号恭皇帝。葬于冲平陵。恭帝幼时性格残忍而暴躁，到封国以后，曾使善射者射马作游戏。事后有人说：“马是国君之姓，而自己射死马，这是很不吉祥的。”恭帝也感悟到这一点，很后悔。以后又笃信佛教，用成千上万的钱币，铸成丈六金像，亲自在瓦官寺迎接，步行十几里。安帝智力低下，恭帝常在左右伺候，调解冷暖饮食作息，以恭谨闻名，受到人们的称赞。南渡开始，元帝在丁丑年(317)称晋王，建立宗庙，使郭璞占卜，说：“享有天下二百年。”禅位那年是庚申年(420)，从丁丑到庚申为一百零四年。而丁丑年仍属西晋，庚申年算在宋朝，只剩下一百零二年。郭璞大概认为一百零二年太短促，故意将数字颠倒过来，含蓄地说成二百年。
恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟。初封琅王牙王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。
安帝元兴初年(402～404)，迁为车骑大将军。桓玄执政时，进位为太宰，加衮冕之服，用绿色印带。桓玄篡位，以帝为石阳县公，与安帝一起住在寻阳。桓玄失败后随桓玄到江陵。桓玄被杀，桓振突然来到，跃马挥戈，直至阶下，瞋目对安帝说：“我桓家有何对不起国家，而遭如此屠灭？”恭帝下床对桓振说：“这怎是我兄弟之意呢！”桓振这才下马拜谢。桓振被平定，帝仍为琅王牙王，又兼徐州刺史，不久拜为大司马，兼司徒，受到特殊礼遇。安帝义熙五年(409)，署中设置左右长史、司马、从事中朗四人，加赐羽葆鼓吹。
义熙十二年(416)，皇帝下诏说：“大司马有明德而又为宗室之亲，太尉德高而功大，使人伦有序，阴阳协和，俊才仰慕，思佐国家。而二人高雅冲淡，不愿设置征士，这样符合大雅谦虚之道，却有违荐贤治世的当务之急。昔日贤君以蒲轮征召才秀之士，而异人辈出，东平开府设署，而奇士响应，人才济济，朕甚钦慕。可使大司马、太尉二府照旧例征召人才，必使俊杰之士得以显扬，继前贤之规范。”于是恭帝始征召掾属。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司马位高任重，论亲论贤，皆莫可比，虽官府要受他人节制，个人不必行下级之礼。”刘裕北征时，恭帝向安帝上疏，请率所属军队，同上征途，以修整祭祀旧都陵墓，朝廷同意此请求，于是与刘裕一起出征。有司奏军人不得料理陵庙之事，恭帝又上疏说：“臣率军在外，将经历寒暑，不能在先帝陵前表祭奠哀悼之情，心绪茫然若失。愿圣上发慈悲之心，特予许可，使臣区区诚心粗略得以实现。则此次出征无所遗憾了。”皇帝答应了这个请求，姚泓被灭后回到京都。
义熙十四年(418)十二月十六日，安帝死。刘裕假称遗诏说：“我晋顺应天命，兴隆于九州，光照四海，朕因德薄，国家多难，幸赖宰辅之臣，拯救颠覆。仍恃神明保佑，克服祸乱，才保持皇极之位，统一六合。正将依赖元勋革新大业，而疾病渐重，将不能恢复，仰思祖宗亲贤之遗命，大司马、琅王牙王，为先皇亲子，明德茂美，亦为皇储，众望所归，今可即皇帝位，奉宗庙之祀，谨守中道，协和天下，发扬临终诰命，不要废弃我高祖之大业。”当天即皇帝位，实行大赦。
元熙元年(419)正月初一，改年号。因安帝葬事未妥，不朝会，立褚氏为皇后。初三，召刘裕还朝。初七，有彗星出现于太微星西边。二十九日葬安帝于休平陵。恭帝受群臣朝拜，乐器悬而不奏。以骠骑将军刘道怜为司空。秋八月，刘裕移镇寿阳。以刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自己解去扬州的职务。冬十月二十八日，刘裕以其子刘义真为扬州刺史。十一月初一，日蚀。十二月辛卯这天，给裕加特殊礼遇。
元熙二年(420)夏六月初九，刘裕回到京师。傅亮受刘裕密旨，劝恭帝禅位于刘裕，起草了诏书，让恭帝抄写。恭帝欣然对左右的人说：“晋氏的权柄早已丧失，今天又有何恨。”就用赤纸写了诏书。十一日，退位回到琅王牙王府第。刘裕封恭帝为零陵王，居住在秣陵，使用晋的历法，车骑服色不改，只是不行天子之礼。从此之后，恭帝深虑灾祸到来，褚皇后常在身边，饮食用品都由褚皇后经手，故宋人无机会下手。
宋武帝永初二年(421)九月丁丑这天，刘裕使褚后兄褚叔度请褚后，有了机会，武士越墙而入，将恭帝杀死在内房，终年三十六岁。谥号恭皇帝。葬于冲平陵。恭帝幼时性格残忍而暴躁，到封国以后，曾使善射者射马作游戏。事后有人说：“马是国君之姓，而自己射死马，这是很不吉祥的。”恭帝也感悟到这一点，很后悔。以后又笃信佛教，用成千上万的钱币，铸成丈六金像，亲自在瓦官寺迎接，步行十几里。安帝智力低下，恭帝常在左右伺候，调解冷暖饮食作息，以恭谨闻名，受到人们的称赞。南渡开始，元帝在丁丑年(317)称晋王，建立宗庙，使郭璞占卜，说：“享有天下二百年。”禅位那年是庚申年(420)，从丁丑到庚申为一百零四年。而丁丑年仍属西晋，庚申年算在宋朝，只剩下一百零二年。郭璞大概认为一百零二年太短促，故意将数字颠倒过来，含蓄地说成二百年。
史臣曰：安帝即位的时期，正是紧张战乱的时期，道子、元显专权，君主昏庸而臣子乱法，这样怎能不亡国。即使手中掌握兵马，心中存念故国朝廷的人，也因回首四顾不见贤良的人，一下子就四散了。于是桓玄乘这个机会，势头超过了狂风卷地，六军都被消灭，皇帝流亡。所以宋直担并不是司马氏的臣子，瑟墨哪裹是置塑的敌寇。至于当朝而遇上颠覆，那就敷恭皇帝最不幸了。室迈之地的民众，怎会去烟熏丹穴，会稽山下的人们，难道会感叹作别人的臣民。离别了皇宫而返回旧家，写红纸诏书而不遗憾。天地间五运的更替变革，三正纪年的命数走到尽头，好比深秋时节万物凋零，是自然之理。看到晋已飘摇零落，也有人会哭泣流泪。
赞曰：安帝继承了放纵无度的国运，大盗趁势猖狂起来。恭帝暂时受命，事情由别人决定。就如保留周赧王，却是楚怀王取代。虚假的尊位和称号，不同的方法却同归于灭亡。
败庾楷。十一日，会稽王司马道子屯兵于中堂，司马元显守卫石头。二十日，前将军王王旬守卫北郊，右将军谢琰保卫宣阳门。辅国将军刘牢之驻扎在新亭，派其子刘敬宣打败王恭，王恭逃到曲阿的长塘湖，湖尉逮捕他送到京城，被斩首。于是派太常殷茂劝喻殷仲堪以及桓玄，桓玄等逃到氵寻阳。十月，新野传说出现了驺虞马。十七日，大赦天下。二十三日，殷仲堪等在寻阳结盟，推举桓玄为盟主。十一月，以琅王牙王司马德文为卫将军、开府仪同三司，领军将军王雅为尚书左仆射。十二月初二，魏王拓拔王圭即皇帝位，年号是天兴。京兆人韦礼率领襄阳的流散人众叛乱，向姚兴投降。二十二日，前新安太守杜炯在京口造**，会稽王的大儿子司马元显征讨将他杀了。秃发乌孤自称武威王。
隆安三年正月初四，封同宗室的司马蕴为淮陵王。二月十八日，河间王司马国镇死。林邑的范胡达攻陷日南、九真。于是侵犯交趾，太守杜王爰征讨打败了他。段业自称为凉王。仇池公杨盛派使称臣，献上地方物产。三月二十三日，安帝追尊生育自己的陈夫人为德皇太后。四月初十，加封尚书令王王旬为卫将军，任命会稽王大儿子司马元显为扬州刺史。六月初四，以琅王牙王司马德文为司徒。慕容德攻陷青州，杀害龙骧将军辟闾浑，于是僭位在广固称皇帝。八月，秃发乌孤死，他的弟弟秃发利鹿孤继伪位。十月，姚兴攻陷洛阳，捉住了河南太守辛恭靖。十一月初二，贼寇孙恩攻陷会稽，内史王凝之战死，吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐都弃官而逃，吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸都遇害。朝廷派卫将军谢琰、辅国将军刘牢之迎击敌寇，将他们打跑了。十二月，桓玄袭击江陵，荆州刺史殷仲堪、南蛮校尉杨亻全期都遇害。吕光立他的儿子吕绍为天王，自称为太上皇。这一天，吕光死，吕纂杀吕绍而自立为天王。这一年，荆州发大水，平地水深三丈。
隆安四年正月二十四日，大赦天下。二月初八，彗星侵犯奎娄星座，进入到紫微座。三月，彗星在太微星座出现。四月，地震。孙恩侵犯浃口。五月十七日，散骑常侍、卫将军、东亭侯王繤死。三十日，会稽内史谢琰被孙恩打败并战死。孙恩接着进犯临海。六月初一，有日蚀。大旱。辅国司马刘裕在南山打败孙恩。孙恩的将领卢循攻陷广陵，杀死三千多人。任琅王牙王的老师何澄为尚书左仆射。七月初四，太皇太后李氏死。十九日，大赦天下。这个月，姚兴讨伐乞伏干归，乞伏干归投降。八月初九，尚书右仆射王雅死。二十四日，将文太后葬在修平陵。九月初六，发生地震。十一月，宁朔将军高雅之与孙恩在余姚作战，朝廷的军队失败。任扬州刺史元显为后将军、开府仪同三司、都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州诸军事，前将军刘牢之为镇北将军，封元显的儿子彦璋为东海王。十二月初二，彗星侵入天市座。这一年，河右各郡推崇凉武昭王李玄盛为秦、凉二州牧、凉公，年号为庚子。
隆安五年二月初一，孙恩又进犯浃口。吕超杀死吕纂，让他的哥哥吕隆僭位当天王。三月初九，众星经过太微星向西流动。五月，孙恩进犯沪渎，吴国内史袁山松战死。沮渠蒙逊杀死段业，自称大都督、北凉州牧。六月初一，孙恩到丹徒。初二，朝廷内外戒严，百官到禁中居住。冠军将军高素、右卫将军张崇之守卫石头，辅国将军刘袭用栅栏隔断淮口，丹扬尹司马恢之戍守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛遂守备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国驻扎在中皇堂。征召豫州刺史、谯王司马尚之保卫京城。宁朔将军高雅之在广陵的郁洲进攻孙恩，被孙恩捉住。七月，段玑杀慕容盛，慕容盛的叔父慕容熙诛灭段氏家族，于是僭位称皇帝。九月，吕隆向姚兴投降。十月，姚兴率军队侵犯魏国，大败而还。这一年，天下大饥，禁止饮酒。
元兴元年(402)正月初一，大赦天下，改变年号。任命后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北大将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王司马尚之为后部，以讨伐桓玄。二月初七，天子穿战服在西池为元显饯行。十八日，派兼侍中、齐王司马柔之用驺虞幡帜向荆州、江州宣告。二十八日，桓玄在姑孰打败朝廷的军队，谯王司马尚之、齐王司马柔之都战死。又任右将军吴隐之为都督交、广二州诸军事、广州刺史。三月初一，刘牢之背叛朝廷向桓玄投降。初三，朝廷的军队在新亭战败，骠骑大将军、会稽王的大儿子司马元显，东海王司马彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃都遇害。初四，桓玄自称为侍中、丞相、录尚书事，以桓谦为尚书令，把太傅、会稽王司马道子迁到安城。不久，桓玄又自称太尉、扬州牧，总理各种机要政事，任琅笽王司马德文为太宰。临海太守辛景进攻孙恩并将他斩首。这个月，秃发利鹿孤死，其弟亻辱檀继承伪位。七月初八，新蔡王司马崇被他的奴仆杀害。八月初四，尚书的私宅遭火灾。十月，冀州刺史刘轨背叛朝廷投靠慕容德。十二月二十六日，会稽王司马道子被桓玄杀害。特赦广陵、彭城两地大逆罪以下的犯人。
元兴二年二月初八，建威将军刘裕在东阳打败徐道覆。二十二日，桓玄自称为大将军。二十四日，冀州刺史孙无终被桓玄杀害。四月初一，出现日蚀。八月，桓玄又自称为相国、楚王。九月，南阳太守庾仄兴起义兵，被桓玄打败。十一月二十三日，桓玄把安帝迁到永安宫。二十四日，把太庙的祖宗牌位移到琅王牙国。十二月初三，桓玄篡夺帝位，让安帝当平固王。二十二日，安帝逃亡到浔阳，蒙受风尘。
元兴三年二月，安帝在浔阳。初二的夜晚，洪水进入石头城，冲走了居民和房屋。二十七日，建武将军刘裕率领沛国的刘毅、东海的何无忌等兴起义兵。二十八日，将桓玄所委任的徐州刺史桓修杀死在京口，青州刺史桓弘杀死在广陵。二十九日，义兵渡过长江。三月初一，刘裕在江乘将桓玄的将领吴甫之斩首，在罗落把皇甫敷斩首。初二，桓玄的徒众溃散逃命。初三，刘裕设置留守京师的百官和机构。初五，桓玄的司徒王谧推举刘裕当镇军将军、徐州刺史、都督扬、徐、兖、豫、青、幽、并八州诸军事、假节。刘裕任王谧领扬州刺史、录尚书事。初四，刘裕诛杀尚书左仆射王愉，以及王愉的儿子荆州刺史王绥、司州刺史温详。十四，桓玄逼安帝西上。二十九日，安帝下密诏，因被桓玄幽禁威逼，朝政空旷，令武陵王司马遵依照旧典，继承帝制总领百官行事，加封为侍中，其余官职如故。并且大赦谋反叛逆之人，只有与桓玄同一祖宗的家族不宽宥。四月初二，大将军、武陵王司马遵称帝制，总理万机。初三，安帝到江陵。二十三日，辅国将军何无忌、振武将军刘道规与桓玄的将领庾稚、何淡之在湓口交战，大破敌军。桓玄又逼迫安帝东下。五月十七日，冠军将军刘毅与桓玄在峥嵘洲作战，又大破桓玄的军队。二十三日，安帝又到江陵。二十五日，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之保护安帝在南郡居住。二十六日，督护冯迁在貊盘洲把桓玄斩首。车马返回到江陵。二十八日，下诏说：“奸凶篡夺帝位叛逆，自古有之。我不能防微杜渐，以致流离失所，仰仗镇军将军刘裕的英雄谋略奋发，忠心义胆绝世，冠军将军刘毅等诚心一向显著，齐心协力。仁义之声显扬，士人百姓报效国家，社稷得以平安，天下得以同庆。现大赦天下，所有被威势逼迫屈从逆贼之命的人，一律不问罪。”二十二日，供奉祖宗牌位进入太庙。闰五月初三，桓玄的故将扬武将军桓振攻陷江陵，刘毅、何无忌退守氵寻阳，安帝又在贼营中蒙受风尘。六月，益州刺史毛璩讨伐伪梁州刺史桓希，将他斩首。七月二十三日，永安皇后何氏死。八月十九日，把穆帝章皇后合葬在永平陵。九月，以前的给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，遭到诛杀。十月，卢循侵犯广州，刺史吴隐之被卢循打败，捉住了始兴相阮腆之才退去。慕容德死，他哥哥的儿子慕容超继承伪位。
义熙元年(405)正月，安帝在江陵。南阳太守鲁宗之兴起义兵，攻破襄阳。初七，刘毅驻扎在马头。桓振拥戴安帝屯兵于江津。初九，鲁宗之在柞溪打败桓振的将领温楷，进兵驻扎在纪南，被桓振打败。振武将军刘道规进攻桓谦，将他赶跑。天子复位，安帝与琅王牙王乘坐刘道规的船。十六日，诏书说：“朕因少德，早继宏业。不能使远近和睦，遏止奸宄。叛逆之臣桓玄乘机作乱，竟欺骗上天和人民，篡夺帝位。我自身流离失所，沦落蛮荒之地，宣武皇帝的基业，顷刻间坠毁。仰仗镇军将军刘裕忠武英明果断，诚心古来第一。运筹谋划机宜，忠贞贤臣齐心协力；擦干眼泪当众盟誓，义士为诚心感动。所以刀枪一挥，巨贼奔窜，三军振作威风，元凶献出首级。其余孽桓振猖狂，接着在荆郢逞凶。幸赖上天赐福社稷，义兵举旗，再传捷报，贼寇崩溃，我才能复位。此实赖宗庙之灵验，众将勤王之功勋。哪能我一人独享此福。。呢？我想与万民从此重新开始，大赦天下，改年号，只有桓玄桓振一族以及他们的同党不在宽宥之列。赐百官爵位每人二级，鳏寡孤独每人五斛谷，大设酒宴五日。”二月初五，留守京师的官员备好车马法驾仪仗，到江陵迎接安帝。弘农太守戴宁之，建威主簿徐惠子等人谋反，遭诛杀。平西参军谯纵杀害平西将军、益州刺史毛璩，率蜀郡叛乱。三月，桓振又袭击江陵，荆州刺史司马休之逃到襄阳。建威将军刘怀肃讨伐桓振并将他斩首。安帝从江陵回京。十四日，百官到宫廷请罪。下诏说：“这不是众卿的过失，大家回去尽心职事。”十七日，为章皇后哀丧三天，在西堂哭丧吊唁。刘裕与何无忌等上奏章请求让位，不允许。十九日，以琅王牙王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，加封镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。二十三日，下诏说：“近来国难之后，人民财物凋零残破，平常所供奉的东西，还没有改变旧制，这难道符合视人如伤，夏禹商汤归过于己的训诫吗？可酌情减省。”四月，刘裕回到京口镇守。十七日，天子在东堂为他饯行。五月初三，禁止制作绢面的扇子和扌雩蒲的博戏。游击将军、章武王司马秀，益州刺史司马轨之谋反，被诛杀。桓玄的故将桓亮、苻宏、刁预侵犯湘州，守将把他们打败。八月十五日，封临川王的儿子司马修之为会稽王。十一月，乞伏干归讨伐仇池，仇池公杨盛把他打得大败。这一年，凉武昭王玄盛派使奉表称臣。
义熙二年正月，益州刺史司马荣期在白帝城进攻谯纵的将领谯子明，大败敌军。五月，封高密王的儿子法莲为高阳王。七月，梁州刺史杨孜敬有罪，被诛杀。十月，论定匡复社稷的功劳，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅为南平郡公，右将军何无忌为安成郡公，其余封赏各有等差。十一月初三，以左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗寇杀死零陵太守阮野。
义熙三年二月初九，车骑将军刘裕前来朝拜。诛杀东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。闰二月十九日，大赦天下，解除禁酒令。五月，发大水。六月，姚兴的将领赫连勃勃在朔方僭位称天王，国号为夏。七月初一，有日蚀。汝南王司马遵之有罪，被诛杀。八月，派冠军将军刘敬宣持节监督征讨蜀地诸军事。十一月，赫连勃勃大败秃发亻辱檀，秃发亻辱檀逃到南山。这一年，高云、冯跋杀死慕容熙。高云僭位为皇帝。
义熙四年正月初九，以琅王牙王司马德文领司徒之职，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。二十五日，侍中、太保、武陵王司马遵死。四月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国死。五月初一，加封吏部尚书孟昶为尚书左仆射。十一月初一，大风拔起树木。二十三日，雷鸣。梁州刺史杨思平有罪，斩首弃市。这个月，秃发亻辱檀僭位当凉王。十二月，陈留王曹灵诞死。
义熙五年正月初二，大赦天下。二十一日，任抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加封辅国将军何无忌为镇南将军。十九日，寻阳发生地震。二月，慕容超的将领慕容兴宗侵犯宿豫，阳平太守刘千载、济南太守赵元都被贼兵捉住。三月十一日，下大雪，积雪有几尺厚。车骑将军刘裕率领军队进攻慕容超。六月初九，太庙发生地震。刘裕在临朐把慕容超打得大败。七月，姚兴的将领乞伏干归在苑川僭位称西秦王。十月十三日，离班杀死高云，高云的将领冯跋攻击离班，将离班杀死。冯跋僭位称王，国号仍然叫燕。魏国的清河王拓跋绍杀死拓跋王圭。
义熙六年二月初五，刘裕进攻慕容超，战胜了他，齐地全部平定。这个月，广州刺史卢循谋反，侵犯江州。三月，秃发侵擅在塞基和沮渠蒙逊交战，侵擅战败。。二十日，镇南将军、江州刺史何无忌与卢循在豫章交战，朝廷的军队战败，何无忌战死。四月，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜入京保卫京师。五月二十五日，刮大风，拔起树木。初五日，卫将军刘毅与卢循在桑落洲交战，朝廷的军队大败。尚书左仆射孟昶因害怕而自杀。初六，大赦天下。十二日，卢循到淮口，内外戒严。大司马、琅邪王司马德文都督宫城诸军事，驻军中皇堂，太尉刘裕驻扎在石头，梁王司马珍之屯兵南掖门，冠军将军刘敬宣屯兵北郊，辅国将军孟怀玉屯兵南岸，建武将军王仲德屯兵越城，广武将军刘怀默屯兵建阳门，在淮口筑起相浦、药园、廷尉三个营垒以抵御敌军。七月初十，卢循逃走。十四日，派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等率兵追赶。这个月，卢循侵犯荆州，刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等人击败了他。又在华容攻破徐道覆，贼兵又逃到寻阳。八月，姚兴的将领桓谦侵犯江陵，刘道规打败了他。十一月，蜀地贼将谯纵攻陷巴东，守将温祚、时延祖战死。十二月十四日，刘裕在豫章打败卢循。
义熙七年二月初五，右将军刘藩在始兴将徐道覆斩首，首级传到京师。四月，卢循逃到交州，刺史杜彗度将他斩首。七月二十三，任荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。十月，沮渠蒙逊进攻凉国，凉国武昭王玄盛与他交战，打败了他。
义熙八年二月初五，任吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月十三日，山阴有的地方塌陷四尺，响声如雷。五月，乞伏公府杀死乞伏干归，乞伏干归的儿子炽盘诛杀乞伏公府，僭位任伪职。六月，任平北将军鲁宗之为镇北将军。七月二十六日，武陵王司马季度死。八月初二，征西大将军刘道规病死。皇后王氏也病死。十三日，高密王司马纯之病死。九月初六，把僖皇后安葬在休平陵。十二日，太尉刘裕害死右将军兖州刺史刘藩、尚书左仆射谢混。十三日，刘裕假托诏书说：“刘毅包藏祸心，勾结南夏叛逆，刘藩、谢混共同作乱，放肆地图谋作乱，仰仗辅佐明鉴，乘机挫锐势，凶党已遭杀戮，社稷长治久安。好生之德是所依据的根本，宽赦罪人延及仁德，确实有助圣恩，何况事端由首恶之人兴起，灾祸起自元凶。大赦天下，只有刘毅不在其例。文武百官普遍增爵位一等。那些孝顺忠义，隐遁遗逸的贤士，一定要让他们显名声，受重用。”二十二日，刘裕率兵讨伐刘毅。刘裕的参军王镇恶攻陷江陵城，刘毅自杀。十一月，沮渠蒙逊僭号为河西王。十二月，任西陵太守朱龄石为建威将军、益州刺史，率军队进攻蜀。从荆州分出十郡设置一个湘州。这一年，庐陵、南康两地发生四次地震。
义熙九年三月初一，刘裕杀害前将军诸葛长民以及他的弟弟辅国大将军诸葛黎民、堂兄弟宁朔将军诸葛秀之。十三日，加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。林邑的范胡达侵犯九真，交州刺史杜彗度把他斩首。四月初四，罢除临沂、湖熟皇后四十顷脂泽田，赐给贫民，放松对湖泊池沼的禁令。封镇增强将军鲁宗之为南阳郡公。七月，朱龄石攻克成都，把谯纵斩首，益州平定。九月，封刘裕的第二个儿子刘义真为桂阳公。这一年，高句丽、倭国以及西南夷铜头大师都进贡地方物产。
义熙十年三月十九日，发生地震。六月，乞伏炽盘率军队讨伐秃发亻辱檀，将他消灭。七月，淮北刮大风，毁坏房屋。九月初一，有日蚀出现。林邑派使者进献地方物产。这一年，在东府筑城墙。
义熙十一年(415)正月，荆州刺史司马休之，雍州刺史鲁宗之都率兵暗暗背叛刘裕，刘裕率军队讨伐他们。十六日，大赦天下。二十三日，任吏部尚书谢裕为尚书左仆射。三月二十八日，淮陵王司马蕴死。二十九日，刘裕与司马休之在江津交战，司马休之战败，逃到襄阳。四月初三，青、冀二州刺史刘敬宣被他的参军司马道赐杀害。五月初二，彗星两次出现。十二日，司马休之、鲁宗之投靠姚兴。朝廷论定平蜀的功劳，封刘裕的儿子刘义隆为彭城公，朱龄石为丰城公。二十七日，霍山崩塌，发现六枚铜钟。七月初五，京城发大水，冲坏太庙。三十日傍晚，出现日蚀。八月，尚书左仆射谢裕死，以尚书右仆射刘穆之为尚书左仆射。九月十九，大赦天下。
义熙十二年正月，姚泓派他的将领鲁轨侵犯襄阳，雍州刺史赵伦之将他赶跑。二月，加封刘裕为中外大都督。六月，赫连勃勃在秦州进攻姚泓，攻陷城池。初三，新任尚书令、都乡亭侯刘柳死。八月，刘裕同琅王牙王司马德文率众兵讨伐姚泓。初一，大赦天下。十月二十二日，姚泓的将领姚光献洛阳投降。十一月十六日，派兼司空、高密王司马恢之修治拜谒五陵。
义熙十三年正月初一，出现日食。二月，凉武昭王李玄盛死，他的大儿子李士业继位为凉州牧、凉公。三月，龙骧将军王镇恶在潼关把姚泓的将领姚绍打得大败。四月，刘裕在河曲打败魏将鹅青，将鹅青的偏将阿薄干斩首。这个月，凉公李士业在鲜支涧把沮渠蒙逊打得大败。五月，刘裕攻克潼关。十六日，会稽王司马修之死。六月二十三日，林邑进献驯服过的大象和白鹦鹉。七月，刘裕攻克长安，活捉姚泓，没收他的仪仗器物，回到京师。南海盗贼徐道期攻陷广州，始兴相刘谦之将他平定。十一月初三，左仆射、前将军刘穆之死。
义熙十四年正月，大赦天下。青州刺史沈田子在长安杀害龙骧将军王镇恶。六月，刘裕任相国，晋封为宋公。十月，任凉公李士业为镇西将军，封为酒泉公。十一月，赫连勃勃在青泥以北打败朝廷军队。雍州刺史朱龄石焚烧长安的宫殿，逃到潼关。不久又大败，朱龄石战死。十二月十七日，安帝死在东堂，享年三十七岁。安葬在休平陵。安帝智力低下，从小到大，口不能言语，即使寒暑节气的变化，他也无法辨别。一切行动，都不出于他自己。所以桓玄篡位，他免于被害。当初的谶书上说：“昌明帝之后有两个皇帝。”刘裕打算受禅代晋，所以秘密地派王绍之勒死安帝另立恭帝，以顺应二帝之说。
恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟。初封琅王牙王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。
安帝元兴初年(402～404)，迁为车骑大将军。桓玄执政时，进位为太宰，加衮冕之服，用绿色印带。桓玄篡位，以帝为石阳县公，与安帝一起住在寻阳。桓玄失败后随桓玄到江陵。桓玄被杀，桓振突然来到，跃马挥戈，直至阶下，瞋目对安帝说：“我桓家有何对不起国家，而遭如此屠灭？”恭帝下床对桓振说：“这怎是我兄弟之意呢！”桓振这才下马拜谢。桓振被平定，帝仍为琅王牙王，又兼徐州刺史，不久拜为大司马，兼司徒，受到特殊礼遇。安帝义熙五年(409)，署中设置左右长史、司马、从事中朗四人，加赐羽葆鼓吹。
义熙十二年(416)，皇帝下诏说：“大司马有明德而又为宗室之亲，太尉德高而功大，使人伦有序，阴阳协和，俊才仰慕，思佐国家。而二人高雅冲淡，不愿设置征士，这样符合大雅谦虚之道，却有违荐贤治世的当务之急。昔日贤君以蒲轮征召才秀之士，而异人辈出，东平开府设署，而奇士响应，人才济济，朕甚钦慕。可使大司马、太尉二府照旧例征召人才，必使俊杰之士得以显扬，继前贤之规范。”于是恭帝始征召掾属。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司马位高任重，论亲论贤，皆莫可比，虽官府要受他人节制，个人不必行下级之礼。”刘裕北征时，恭帝向安帝上疏，请率所属军队，同上征途，以修整祭祀旧都陵墓，朝廷同意此请求，于是与刘裕一起出征。有司奏军人不得料理陵庙之事，恭帝又上疏说：“臣率军在外，将经历寒暑，不能在先帝陵前表祭奠哀悼之情，心绪茫然若失。愿圣上发慈悲之心，特予许可，使臣区区诚心粗略得以实现。则此次出征无所遗憾了。”皇帝答应了这个请求，姚泓被灭后回到京都。
义熙十四年(418)十二月十六日，安帝死。刘裕假称遗诏说：“我晋顺应天命，兴隆于九州，光照四海，朕因德薄，国家多难，幸赖宰辅之臣，拯救颠覆。仍恃神明保佑，克服祸乱，才保持皇极之位，统一六合。正将依赖元勋革新大业，而疾病渐重，将不能恢复，仰思祖宗亲贤之遗命，大司马、琅王牙王，为先皇亲子，明德茂美，亦为皇储，众望所归，今可即皇帝位，奉宗庙之祀，谨守中道，协和天下，发扬临终诰命，不要废弃我高祖之大业。”当天即皇帝位，实行大赦。
元熙元年(419)正月初一，改年号。因安帝葬事未妥，不朝会，立褚氏为皇后。初三，召刘裕还朝。初七，有彗星出现于太微星西边。二十九日葬安帝于休平陵。恭帝受群臣朝拜，乐器悬而不奏。以骠骑将军刘道怜为司空。秋八月，刘裕移镇寿阳。以刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自己解去扬州的职务。冬十月二十八日，刘裕以其子刘义真为扬州刺史。十一月初一，日蚀。十二月辛卯这天，给裕加特殊礼遇。
元熙二年(420)夏六月初九，刘裕回到京师。傅亮受刘裕密旨，劝恭帝禅位于刘裕，起草了诏书，让恭帝抄写。恭帝欣然对左右的人说：“晋氏的权柄早已丧失，今天又有何恨。”就用赤纸写了诏书。十一日，退位回到琅王牙王府第。刘裕封恭帝为零陵王，居住在秣陵，使用晋的历法，车骑服色不改，只是不行天子之礼。从此之后，恭帝深虑灾祸到来，褚皇后常在身边，饮食用品都由褚皇后经手，故宋人无机会下手。
宋武帝永初二年(421)九月丁丑这天，刘裕使褚后兄褚叔度请褚后，有了机会，武士越墙而入，将恭帝杀死在内房，终年三十六岁。谥号恭皇帝。葬于冲平陵。恭帝幼时性格残忍而暴躁，到封国以后，曾使善射者射马作游戏。事后有人说：“马是国君之姓，而自己射死马，这是很不吉祥的。”恭帝也感悟到这一点，很后悔。以后又笃信佛教，用成千上万的钱币，铸成丈六金像，亲自在瓦官寺迎接，步行十几里。安帝智力低下，恭帝常在左右伺候，调解冷暖饮食作息，以恭谨闻名，受到人们的称赞。南渡开始，元帝在丁丑年(317)称晋王，建立宗庙，使郭璞占卜，说：“享有天下二百年。”禅位那年是庚申年(420)，从丁丑到庚申为一百零四年。而丁丑年仍属西晋，庚申年算在宋朝，只剩下一百零二年。郭璞大概认为一百零二年太短促，故意将数字颠倒过来，含蓄地说成二百年。
恭帝名德文，字德文，是安帝的同母弟。初封琅王牙王，历任中军将军、散骑常侍、卫将军、开府仪同三司，加侍中、领司徒、录尚书六条事。
安帝元兴初年(402～404)，迁为车骑大将军。桓玄执政时，进位为太宰，加衮冕之服，用绿色印带。桓玄篡位，以帝为石阳县公，与安帝一起住在寻阳。桓玄失败后随桓玄到江陵。桓玄被杀，桓振突然来到，跃马挥戈，直至阶下，瞋目对安帝说：“我桓家有何对不起国家，而遭如此屠灭？”恭帝下床对桓振说：“这怎是我兄弟之意呢！”桓振这才下马拜谢。桓振被平定，帝仍为琅王牙王，又兼徐州刺史，不久拜为大司马，兼司徒，受到特殊礼遇。安帝义熙五年(409)，署中设置左右长史、司马、从事中朗四人，加赐羽葆鼓吹。
义熙十二年(416)，皇帝下诏说：“大司马有明德而又为宗室之亲，太尉德高而功大，使人伦有序，阴阳协和，俊才仰慕，思佐国家。而二人高雅冲淡，不愿设置征士，这样符合大雅谦虚之道，却有违荐贤治世的当务之急。昔日贤君以蒲轮征召才秀之士，而异人辈出，东平开府设署，而奇士响应，人才济济，朕甚钦慕。可使大司马、太尉二府照旧例征召人才，必使俊杰之士得以显扬，继前贤之规范。”于是恭帝始征召掾属。当时太尉刘裕都督中外诸军，皇帝下诏说：“大司马位高任重，论亲论贤，皆莫可比，虽官府要受他人节制，个人不必行下级之礼。”刘裕北征时，恭帝向安帝上疏，请率所属军队，同上征途，以修整祭祀旧都陵墓，朝廷同意此请求，于是与刘裕一起出征。有司奏军人不得料理陵庙之事，恭帝又上疏说：“臣率军在外，将经历寒暑，不能在先帝陵前表祭奠哀悼之情，心绪茫然若失。愿圣上发慈悲之心，特予许可，使臣区区诚心粗略得以实现。则此次出征无所遗憾了。”皇帝答应了这个请求，姚泓被灭后回到京都。
义熙十四年(418)十二月十六日，安帝死。刘裕假称遗诏说：“我晋顺应天命，兴隆于九州，光照四海，朕因德薄，国家多难，幸赖宰辅之臣，拯救颠覆。仍恃神明保佑，克服祸乱，才保持皇极之位，统一六合。正将依赖元勋革新大业，而疾病渐重，将不能恢复，仰思祖宗亲贤之遗命，大司马、琅王牙王，为先皇亲子，明德茂美，亦为皇储，众望所归，今可即皇帝位，奉宗庙之祀，谨守中道，协和天下，发扬临终诰命，不要废弃我高祖之大业。”当天即皇帝位，实行大赦。
元熙元年(419)正月初一，改年号。因安帝葬事未妥，不朝会，立褚氏为皇后。初三，召刘裕还朝。初七，有彗星出现于太微星西边。二十九日葬安帝于休平陵。恭帝受群臣朝拜，乐器悬而不奏。以骠骑将军刘道怜为司空。秋八月，刘裕移镇寿阳。以刘怀慎为前将军、北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕自己解去扬州的职务。冬十月二十八日，刘裕以其子刘义真为扬州刺史。十一月初一，日蚀。十二月辛卯这天，给裕加特殊礼遇。
元熙二年(420)夏六月初九，刘裕回到京师。傅亮受刘裕密旨，劝恭帝禅位于刘裕，起草了诏书，让恭帝抄写。恭帝欣然对左右的人说：“晋氏的权柄早已丧失，今天又有何恨。”就用赤纸写了诏书。十一日，退位回到琅王牙王府第。刘裕封恭帝为零陵王，居住在秣陵，使用晋的历法，车骑服色不改，只是不行天子之礼。从此之后，恭帝深虑灾祸到来，褚皇后常在身边，饮食用品都由褚皇后经手，故宋人无机会下手。
宋武帝永初二年(421)九月丁丑这天，刘裕使褚后兄褚叔度请褚后，有了机会，武士越墙而入，将恭帝杀死在内房，终年三十六岁。谥号恭皇帝。葬于冲平陵。恭帝幼时性格残忍而暴躁，到封国以后，曾使善射者射马作游戏。事后有人说：“马是国君之姓，而自己射死马，这是很不吉祥的。”恭帝也感悟到这一点，很后悔。以后又笃信佛教，用成千上万的钱币，铸成丈六金像，亲自在瓦官寺迎接，步行十几里。安帝智力低下，恭帝常在左右伺候，调解冷暖饮食作息，以恭谨闻名，受到人们的称赞。南渡开始，元帝在丁丑年(317)称晋王，建立宗庙，使郭璞占卜，说：“享有天下二百年。”禅位那年是庚申年(420)，从丁丑到庚申为一百零四年。而丁丑年仍属西晋，庚申年算在宋朝，只剩下一百零二年。郭璞大概认为一百零二年太短促，故意将数字颠倒过来，含蓄地说成二百年。
史臣曰：安帝即位的时期，正是紧张战乱的时期，道子、元显专权，君主昏庸而臣子乱法，这样怎能不亡国。即使手中掌握兵马，心中存念故国朝廷的人，也因回首四顾不见贤良的人，一下子就四散了。于是桓玄乘这个机会，势头超过了狂风卷地，六军都被消灭，皇帝流亡。所以宋直担并不是司马氏的臣子，瑟墨哪裹是置塑的敌寇。至于当朝而遇上颠覆，那就敷恭皇帝最不幸了。室迈之地的民众，怎会去烟熏丹穴，会稽山下的人们，难道会感叹作别人的臣民。离别了皇宫而返回旧家，写红纸诏书而不遗憾。天地间五运的更替变革，三正纪年的命数走到尽头，好比深秋时节万物凋零，是自然之理。看到晋已飘摇零落，也有人会哭泣流泪。
赞曰：安帝继承了放纵无度的国运，大盗趁势猖狂起来。恭帝暂时受命，事情由别人决定。就如保留周赧王，却是楚怀王取代。虚假的尊位和称号，不同的方法却同归于灭亡。